14 февраля 2008 года на профсоюзной конференции работниками порта было принято решение о выходе из состава Центрального совета профсоюзов и создании профессионального союза работников морского транспорта Николаевского морского торгового порта путем реорганизации Первичной профсоюзной организации НМТП. На сегодняшний день, профсоюз действует на территории Государственного предприятия «Николаевский морской торговый порт» на предприятиях, которые арендуют имущество порта или работают на его и прилежащей территориях, а также взаимодействуют с портом в производственном процессе. Профсоюз объединяет работников морского транспорта, смежных и других отраслей и профессий, связанных с морским транспортом совместными социально-трудовыми и профессиональными интересами, и насчитывает в своих рядах 3719 членов профсоюза, на территории порта действуют 25 цеховых первичных профсоюзных организаций и организация ветеранов ВОВ и труда. Деятельность профсоюза работникам порта весьма заметна: постоянно организовываются экскурсии, поездки выходного дня, портовики и члены их семей выезжают на отдых, проводятся ежегодные спартакиады и спортивные соревнования по отдельным видам спорта, приобретается спортивный инвентарь и спортформа, а также бытовая техника в комнаты приема пищи. Оказывается профсоюзом и материальная помощь работникам и ветеранам порта, компенсация к отпуску стоимости путевок для оздоровления портовиков (компенсацию за неиспользованную путевку удалось довести до 2 тыс.грн.). Не забыта и добрая портовская традиция благотворительности — помогают как детским домам города и области, так и отдельным многодетным и малообеспеченным семьям. Администрация и профсоюзный комитет порта поддерживают социальные гарантии в порту на достойном высоком уровне. Еще в марте прошлого года в ГП «НМТП» был принят и утвержден новый коллективный договор на 2009-2013 гг. Все материальные выплаты для работников порта, ветеранов предприятия поддерживаются на достойном высоком уровне. Бесплатными по-прежнему остались услуги медицинского центра, сохранены на балансе предприятия базы отдыха. Работники порта и стивидорных компаний посещают театры и концерты, а ветераны предприятия регулярно собираются в на встречи в Украинском театре.

Сотрудникам, работающих в порту на условиях аренды стивидорных компаний, как и работникам порта, также гарантирован социальный пакет. При заключении договоров аренды между ГП «Николаевский морской торговый порт», профсоюзом и предприятием -арендатором заключаются трехсторонние соглашения, в которых предусматривались социальные гарантии для работников, переводящихся в новые компании. На сегодняшний день, профсоюзом, в качестве представителя трудовых коллективов заключено 9 коллективных договоров с администрациями работающих в порту на условиях аренды стивидорных компаний.