История Ренийской таможни ведётся с ноября 1816 года. Тогда порт находился вблизи старого морвокзала. Вскоре здесь были сооружены причалы, пакгаузы, здание таможни и карантина. Уже в эти годы порт начинает занимать видное место во внешней торговле России на Нижнем Дунае. Поэтому ренийским таможенникам пришлось контролировать значительное количество экспортно-импортных грузов. Среди них преобладали зерно, в частности, пшеница, а также лес, шерсть, кожи и другое сельхозсырьё.

Порт в те годы принимал и отправлял в основном английские, турецкие, австрийские, греческие и сардинские торговые суда. В 1841 году в связи с увеличением товарооборота правительство ассигновало 68428 руб. на строительство новых помещений ренийского карантина.

Вследствие поражения России в Крымской войне 1853-1856 гг. Рени вместе с большей частью Южной Бессарабии на 22 года вошли в состав Княжества Молдова. Возвращение Измаильского уезда и соответственно Рени в состав России и строительство в 1877 году Бендерско-Галацкой железной дороги дало огромный толчок для развития порта, железнодорожного узла и таможни. Теперь в её составе было два участка – морской (речной) и железнодорожный. Это было обусловлено тем, что часть экспортно-импортных грузов перевозилась по железной дороге, а Россия получила дополнительный выход в Европу по суше, через соседнюю Румынию.

Создание в 1886 году на базе торгового дома «Князь Юрий Гагарин и Ко» Черноморско-Дунайского пароходства, а в 1903 году – Русского Дунайского пароходства (РДП) существенно увеличило влияние России на великой европейской реке и способствовало увеличению грузооборота отечественных придунайских портов. Так из Ренийского порта начали осуществляться и пассажирские перевозки не только в Измаил, Килию и Вилково, но и в порты придунайских стран: Румынии (Тулча, Исакча, Галац, Браила, Джурджу, Турну-Северин), Болгарии (Русе и Свищёв), а также Сербии (Кладово). Это способствовало тому, что в Ренийской таможне была создана группа, ведавшая заграничными пассажирскими перевозками.

К 1913 году РДП соорудило в Ренийском порту пакгаузы, мастерские по ремонту судов, лесные и угольные склады, а также новое здание таможни. При этом все они размещались на территории Академии (бывшего Ренийского филиала Днепропетровской академии экономики и права) и прилегающих к ней участках.

Начавшаяся в августе 1914 года Первая мировая война частично изменила традиционный грузо- и пассажиропоток. К ним добавились перевозка военной техники, амуниции, фуража, воинов, а также беженцев из Сербии, а позже — из Румынии. Весь этот громадный поток людей и грузов приходилось контролировать Ренийской таможне.

После вооружённого восстания в Петрограде, в ноябре 1917 года, воспользовавшись тяжёлым положением молодой Советской республики, 12 января 1918 года боярская Румыния явочным порядком захватила сначала Рени, а после всю Бессарабскую губернию. Захватчики перенесли порт ниже по течению, соорудив элеватор с автономной электростанцией и капитальную скотобойню.

Через 22 года, 28 июня 1940 года, вся Бессарабия, в том числе Придунайский край, вошли в состав Советского Союза. Вскоре начала функционировать вновь созданная Ренийская таможня в составе войск НКВД. Здесь опять возобновили работу два участка – морской и железнодорожный. Сотрудники таможни контролировали экспорт зерна в Германию как по реке, так и по железной дороге. Кроме того, им приходилось уделять много времени и внимания досмотру немецких семей, выезжавших из СССР (в основном из Бессарабии) в Германию и части граждан Румынии, въезжавших в нашу страну.

После освобождения Рени от немецко-румынских захватчиков в 1944 году в городе стали восстанавливать работу всех государственных органов, включая таможню. Через город в те годы шёл большой поток войск и военных грузов. Он в основном двигался по железной дороге и шоссе. В это время и вплоть до апреля 1945 года в состав Ренийской таможни входило два поста – Измаильский и Кагульский.

Впоследствии и до 1990-ых годов автомобильное сообщение с Румынией почти отсутствовало. Исключение, пожалуй, составляли потоки колёсной и гусеничной военной техники во время ноябрьских событий 1956 года в Венгрии и летних 1968 года в Чехословакии, а также учений войск стран-участниц Варшавского договора.

С 1957 по 1988 год оперативный состав таможни достигал 48 человек. Однако в конце 1980-ых гг., когда в таможне открылись автомобильный, контейнерный и Ро-Ро участки, количество персонала удвоилось.

Следует отметить, что контроль над грузовыми составами, а впоследствии и за заграничными автоперевозками пассажиров и грузов осуществлялся в пункте «Разъезд 293 км», располагавшемся на левом берегу реки Прут вблизи его впадения в Дунай. Весь период с 40-ых до начала 90-ых годов прошлого века Ренийская таможня располагалась на территории двух республик – Украинской и Молдавской ССР.

После распада СССР вышеупомянутый разъезд вместе с двумя мостами через Прут – железнодорожным и автомобильным – перешёл под юрисдикцию Джурджулештской таможни Республики Молдова.

В 1997 году Ренийская таможня была расформирована и перешла в состав Придунайской, а затем — Измаильской таможни как её пост.

В настоящее время вместо Ренийского поста функционируют несколько пунктов пропуска, подчинённых Измаильскому посту Одесской таможни. Вскоре начнёт действовать пункт пропуска в с. Орловка, где планируется открыть паромную переправу.